Définitions

Selon leur histoire, les gènes n'auront pas la même généalogie. Tous ces gènes (gènes A sur la figure 7-3) présentent un certain degré de ressemblance, ce sont des gènes homologues . S'ils descendent du même gène ancestral et se sont différenciés au sein de taxa différents on a des gènes orthologues comme les gènes " A1a " dans les taxa T, U, V et W. Souvent, la fonction de gènes orthologues est conservée. Si entre eux et l'ancêtre commun il s'est intercalé un ou plusieurs événements de duplication ce sont des gènes paralogues tels que les gènes A1a , A1c, A2a et A2b dans le taxon T ;ou A1a,A1b,A1c, A1d A1e et A2b etc dans les 4 taxa. Alors que la généalogie des gènes orthologues suit exactement la généalogie des espèces, il n'en est pas de même pour les gènes paralogues. C'est une cause fréquente de généalogies erronées d'espèces : les gènes comparés n'étaient que paralogues. Enfin certains gènes ont pu passer directement d'une espèce à une autre soit par hybridation soit par l'intermédiaire d'éléments transposables, on qualifie ces transferts d'horizontaux : l'histoire ne passe plus par un ancêtre commun . On a alors des gènes xénologues .

Figure 7- 3De LUCA à aujourd'hui.