Parmi les génomes actuels on peut classer les différents gènes découverts en familles présentant une ressemblance indubitable. L'étude des banques généralistes et des banques de familles de gènes ainsi que des comparaisons de génomes entiers ont conduit a proposer que le dernier ancêtre universel commun ait déjà une taille de l'ordre de 1000 à 1500 gènes (au moins un par famille). Les étapes suivantes de l'évolution ont amené aux tailles des génomes actuels (de l'ordre de plusieurs milliers de gènes). Cette augmentation s'est probablement faite par duplications successives (de gènes ou de génomes, voir ci-dessous, et la figure 7-2). Lorsqu'un gène est dupliqué, une des deux copies est contrainte par la sélection naturelle à rester fonctionnelle et n'est que peu susceptible d'évoluer alors que l'autre peut accumuler les mutations qui peuvent

• changer sa fonction , la modifier ou la spécialiser
• changer sa régulation, son tempo d'expression ce qui va modifier l'aspect final de l'organisme
• perdre toute fonction (cas des pseudogènes)