A partir du moment où
l'on a disposé de marqueurs moléculaires qui couvraient
l'ensemble du génome on a recherché systématiquement s'il
était possible pour une maladie monogénique de montrer qu'elle
était liée à un de ces marqueurs, ce qui donnait une position
, au moins approximative du gène impliqué.
La dystrophie maculaire
de Caroline du Nord (DMCN) est autosomique dominante sur
le phénotype sain qui provoque des pertes de vision centrale
dans les premières années de la vie.
L'usage des marqueurs
microsatellites (ici des répétitions du motif (CA)n). il
est possible de balayer presque tout le génome humain pour
une localisation du gène impliqué dans cette affection génétique.
Avec 124 marqueurs on a pu éliminer 95% du génome. Des microsatellites
localisés sur le grand bras du chromosome 6 sont liés avec
le gène dont une mutation est responsable de [DMCN]. North
Carolina macular dystrophy is assigned to chromosome 6.Small
KW, Weber JL, Roses A, Lennon F, Vance JM, Pericak-Vance
MA.(1992) Genomics Jul;13(3):681-5.
Figure 6- 39. Pedigree
et haplotypes pour 6 microsatellites dans une famille qui
présente de nombreux cas de [DMCN].
Détermination
de l'haplotype de chaque personne
Chaque microsatellite
est caractérisé par un couple de sondes nucléotidiques qui
permettent de l'amplifier. Une électrophorèse en gel de
polyacrylamide permet ensuite d'en déterminer la taille.
Un sujet est homozygote (une seule taille trouvée) ou plus
souvent hétérozygote (deux tailles révélées) pour un microsatellite
donné. Ces manipulations doivent $etre réalisées 6 fois
(6 microsatellites) pour chacune des 19 personnes examinées.
Détermination
de la phase génotypique
Prenons comme exemple
le premier couple de la génération II et ses trois enfants.
Il faut remarquer que le second microsatellite n'est pas
informatif dans cette partie du pedigree (une seule forme
2). Pour les 4 autres marqueurs le génotype paternel peut
présenter 2(3-1) formes différentes : il est
homozygote pour le premier microsatellite mais hétérozygote
pour les 3 derniers. Ses génotypes possibles pour ces microsatellites
sont donc
Dans ses enfants on
trouve un descendant (le troisième) qui a hérité de son
père 3,2,3 et 2. Les 2 autres ont hérité de 3,2,1,2 de
leur père (ces marqueurs sont tous sur le chromosome 6
dans une zone de 5cM (donc peu de recombinaisons). L'examen
des phénotypes parentaux et des cendants permet dans certains
cas de préciser la façon dont les différents allèles sont
associés sur les 2 chromosomes homologues. Des logiciels
qui incluent des données statistiques aident à déterminer
cette phase pour chacun. Cependant , pour certains individus
et certains marqueurs cela n'est pas possible compte tenu
des génotypes du reste de la famille. Cette imprécision
est notée 3/2 sur le pedigree.
De plus on ne peut
préciser à priori quel est le chromosome paternel qui
est susceptible de porter l'allèle muté a1 conférant [DMCN]
Analyse du pedigree
Pas de saut de génération,
[DMCN]>[sain] ; des hommes atteints ont des filles
atteintes et saines, localisation autosomique (voir ci-dessus).
Parmi tous les descendants
atteints tous ont reçu le même chromosome 6 familial qui
porte les marqueurs 3,2,3,2,1 (marqué sur la figure 6-39
par un trait vertical). Lorsqu'il y a imprécision quant
à la phase , il n'y a cependant pas de contradiction à
cette affirmation. Dans un cas (III-2), il y a eu un CO
(1/19 reste dans la limite de 5%) ce descendant normal
a reçu la partie du chromosome 6 paternel qui porte le
microsatellite D6S283 venant du chromosome avec l'allèle
muté du gène impliqué dans la DMNC. Parmi 31 gamètes examinés
on en a observé 14 non recombinés tous a1,3,2,3,2,1 et
3 non recombinés tous a+,3,2,1,3,3. Parmi les descendants
sains on peut aussi observer des associations différentes
entre microsatellites et a+, ce sont des chromosomes 6
issus de la population générale tels que a+,3,6,2,2,3
(2 cas); a+,5,2,1,2,3 (1 cas); a+,2,2,1,4,2 (3 cas) ;
a+,6,3,1,4,2 (1 cas) ; a+,3,2,1,2,1 (1 cas) ; également
non recombinés entre la génération parentale et les enfants.
Si P=14 + 3 + 1 + 2
+ 1 + 3 + 1 = 28 et R = 31-28 = 3 ; P>R et le gène
A est bien localisé sur le chromosome 6.
L'existence des recombinés
permet de préciser la position du gène A par rapport aux
2 marqueurs microsatellites. Dans l figure 6-40, on a
représenté, pour chaque descendant recombiné les deux
chromosomes du parent malade chez qui avait eu lieu le
CO. Ce qui exclut pour le gène A la région comprise entre
le centromère et D6S253 ainsi que celle à partir de D6S468
jusqu'au telomère
Figure 6- 40.
Interprétation des 3 recombinés du pedigree 6-39.
