L'ADN copie

Chez les eucaryotes où il est ardu de reconstituer un gène qui peut être constitué de nombreux petits exons une autre façon, complémentaire de les identifier est de s'intéresser non pas directement à l'ADN génomique mais au produit de sa transcription sous sa forme la moins rare : l'ARN messager mature, c'est à dire déjà épissé. Le problème des introns ne se pose alors plus et il est plus aisé de repérer une phase ouverte de lecture. Par contre l'ARN est une molécule à durée de vie assez réduite in vivo et très fragile in vitro. La découverte d'une enzyme virale, la réverse transcriptase qui copie de l'ARN pour synthétiser l'ADN complémentaire a permis de standardiser un protocole de synthèse des ADN copie (ADNc) d'ARNm. Comme on prépare des banques d'ADN génomique, on prépare des banques d'ADNc. Dans ce cas, puisque les ARNm matures ont en moyenne des tailles de 9 à 16 kbp, un vecteur de type plasmide ou bactériophage seront suffisants.

Figure 2-39. Synthèse de l'ADN copie double brin.

Figure 2-40. Insertion de l'ADNc dans un vecteur de clonage.

Comme on prépare des banques d'ADN génomique pour un organisme, on prépare des banques d'ADNc. Pour un organisme donné il n'existe qu'une sorte de banque d'ADN génomique mais l'ARNm reflétant les seuls gènes qui sont transcrits et traduits à un moment particulier du cycle cellulaire, même pour un organisme unicellulaire il peut exister plusieurs banques différentes d'ADNc pour des moments différents du cycle de vie de l'organisme. De plus, chez les organismes pluricellulaires une banque d'ADNc d'un tissu donné est différente de celle d'un autre tissu.

Si l'on compare ces deux types de banques, leur complexité est différente mais tout aussi grande. Que l'on soit en présence d'un type ou de l'autre il faut garder présente l'idée qu'une banque est un mélange de tout ce que la cellule contient. On ne peut étudier une banque en temps que telle. Une banque n'est qu'un outil de stockage dans lequel on va puiser en fonction de ses besoins. On va chercher un gène particulier ou une séquence particulière. C'est cette étape qui aboutit à l'isolement d'un clone contenant un seul vecteur qui constitue le clonage d'un gène (ou de tout autre élément).