On est maintenant en possession d'une collection de vecteurs presque tous (dans le meilleur des cas) recombinés. Tous les fragments de l'ADN " étranger " étaient différents puisque obtenus par coupures au hasard. Les vecteurs contiennent chacun un des ces fragments. Donc chaque plasmide recombiné est différent des autres. Et l'ensemble des fragments insérés constituent le génome complet de l'organisme que l'on veut séquencer.(ou étudier). Ces vecteurs recombinés, pour se multiplier, doivent infecter une cellule hôte à laquelle chaque vecteur confère une ou plusieurs propriétés qui permettent de la repérer ou/et de la sélectionner (voir dans le paragraphe vecteurs pour les détails de ces critères). Chaque cellule hôte qui a reçu de l'ADN est dite transformée. Elle multiplie son génome et en même temps l'ADN étranger (sous forme plasmidique ou minichromosome). Chaque cellule ayant reçu un vecteur différent est différente des autres et donnera naissance à un clones de cellules identiques entre elles mais différentes des cellules de tous les autres clones.

La banque d'ADN génomique de l'organisme étudié est constituée de l'ensemble des clones issus de ces cellules transformées. C'est un mélange complexe.

Suivant le vecteur et la cellule hôte, les différentes banques auront des aspects différents.

Vecteur de clonage	Taille de l'insert	aspect des clones
Plasmide bactérien standard à grand nombre de copies	0-10 Kb	colonies bactériennes
Bactériophage à insertion	0-10 Kb	plages de lyse
Bactériophage à remplacement	9-23 Kb	plages de lyse
cosmides	30-44 Kb	colonies bactériennes
BAC (chromosome bactérien artificiel)	jusqu'à 300 Kb	colonies bactériennes
YAC (chromosome artificial de levure)	0.2-2.0 Mb	colonies de levure

Tableau 2-7. Aspect des différentes banques.