Après cette longue digression concernant les vecteurs utilisables revenons à l'insertion des fragments d'ADN dans un plasmide. L'ADN a été digéré partiellement par Sau3A qui a généré des extrémités cohésives 5' débordantes GATC. L'ADN plasmidique a été digéré par BamHI qui a généré des extrémités cohésives 5' débordantes GATC. Ces deux types d'extrémités sont aptes à s'apparier par des liaisons hydrogène dans des conditions de température correctes (16 à 25°C). Une fois les réassociations préparées par la formation de liaisons faibles,la ligase va refaire les covalentes entre les deux extrémités d'ADN à condition que l'une soit 5'P et l'autre 3'OH.

Figure 2-26. Réaction de ligation.