Mise en ordre

Une fois les différents fragments séquencés il reste à les remettre dans l'ordre naturel. Ces fragments proviennent d'une digestion partielle (donc de coupures au hasard) et il y en a qui se chevauchent. Il faut donc repérer des séquences qui sont uniques dans le génome et que l'on retrouve sur deux fragments. En superposant la séquence unique, les deux fragments seront positionnés l'un par rapport à l'autre et la portion de génome reconstituée aura grandi. On continue de proche en proche jusqu'à la reconstitution du chromosome entier.

L'analyse de nombreux clones ne peut évidemment être faite à la main. Il existe des logiciels puissants dans lesquels la recherche des fragments chevauchants est automatisée.

Figure 2-36. Une carte d'éléments contigus (un " contig ")est construite en utilisant le nombre minimum de fragments chevauchant qui contiennent des portions identiques. Une carte à basse résolution peut être faite en utilisant comme repères des sites de coupure d'enzymes de restriction qui coupent rarement. C'est finalement le séquençage qui confirme les chevauchements.