Des mutations qui intéressent des portions beaucoup plus grandes du génome sont aussi observées
- délétions de milliers de bp
- remaniements chromosomiques : des portions sont coupées et réinsérées ailleurs, ex les translocations
- ne portion peut être dupliquée
- des éléments transposables peuvent (rarement )sortir de l'ADN où ils se trouvent pour se réinsérer ailleurs.

Figure 3-20. Translocation réciproque entre les chromosomes 8 et 14